Для подключения к системе клиенту необходимо воспользоваться специальным программным обеспечением WebMoney Keeper ("кошелек"). Это программное обеспечение бывает двух видов: WM Keeper Classic и WM Keeper Light.
WM Keeper Classic выполнен в виде отдельной программы, устанавливаемой на компьютере пользователя. Клиенту необходимо скачать ее с сайта системы, запустить полученный файл на своем компьютере и совершить настройку в соответствии с инструкциями, появляющимися на экране.
Установив программу, клиент должен зарегистрироваться в качестве нового участника системы. В процессе регистрации клиенту присваивается уникальный 12-значный WM-идентификатор, для которого программа WM Keeper Classic создает два файла: с ключами и "кошельками".
WM Keeper Light не требует установки программы на компьютере пользователя и выполняется непосредственно на сервере приложений системы. Результаты работы передаются в браузер клиента по защищенному HTTPS-соединению (используется 128-разрядный SSL).
Для работы с WM Keeper Light достаточно установить на компьютер персональный сертификат WebMoney Transfer и запустить браузер. WM Keeper Light поддерживает различные версии браузеров, поэтому возможна работа на любой платформе. Перед началом работы необходимо зарегистрироваться в системе.
Система WebMoney Transfer позволяет осуществлять мгновенные защищенные транзакции. Действующий в системе порядок идентификации позволяет однозначно определять и фиксировать все проводимые операции. С помощью встроенной службы конфиденциальных сообщений клиенты могут вести защищенную переписку с другими участниками, обсуждать детали сделок, комментировать проведение транзакций.
Все процессы, совершаемые в системе (хранение WebMoney в "кошельках", выписка счетов, WM-расчеты между участниками, обмен сообщениями), выполняются с использованием алгоритма кодирования, эквивалентного RSA, с длиной ключей не менее 1024 бит. Для каждой транзакции назначаются уникальные сеансовые реквизиты, и попытка их повторного использования мгновенно отслеживается и пресекается. Если та или иная операция не была успешно завершена, она не учитывается системой.
Все платежи между участниками системы осуществляются только между однотипными электронными "кошельками" участников. То есть из "кошелька" типа R нельзя сделать перевод в "кошелек" типа Z или другого типа, а только в "кошелек" типа R.
Платежи в системе можно условно разделить на три типа:
Кроме того, в системе предусмотрены платежи с протекцией сделки. Если покупатель не уверен в добросовестности продавца или сомневается в верности имеющихся у него реквизитов продавца, он может совершить этот вид платежа. При этом деньги будут зачислены на счет продавца, но получить к ним доступ продавец сможет только после того, как введет в соответствующее поле код протекции, который ему должен сообщить покупатель. Если в течение некоторого времени, определяемого плательщиком, сделка не подтверждена, деньги возвращаются на счет покупателя.